Yugi Muto e i suoi amici sono all'ultimo anno di liceo e stanno decidendo cosa fare in futuro. Nel frattempo Seito Kaiba ha commissionato degli scavi per recuperare i pezzi del Millenium Puzzle, nella speranza di far rivivere l'anima del suo rivale Atem per far aumentare il proprio punteggio. Ma gli scavi vengono interrotti da Diva, che sfida Kaiba a Dual Monsters. Yugi e Kaiba si sono già scontrati diverse volte in passato ma nel nuovo duello metteranno in gioco l'orgoglio e tutte le esperienze passate.
