Kenshin Himura è un leggendario assassino pentitosi delle sue azioni e divenuto un ronin, un guerriero errante che offre il suo aiuto a coloro che ne hanno bisogno. Giunto a Tokyo, incontra Kaoru Kamiya, istruttrice di kendo nella scuola aperta dal padre, chiamata Kamiya Kasshin-ryu. La ragazza invita Kenshin a fermarsi presso il suo dojo, ma presto il passato tornerà a tormentare il guerriero...
