Nobita trova una piccola piantina abbandonata in un'area abbandonata, e decide di portarla a casa. Tuttavia sua madre chiede a Nobita di non piantarla nel giardino di casa, perché non avrebbe lo spazio necessario per crescere. A questo punto, il ragazzo chiede aiuto a Doraemon che utilizza uno speciale gadget tecnologico che permette alle piante di potersi muovere liberamente senza dover piantare le proprie radici nel terreno. Battezzata "Ki-bo", la piccola creatura verde trascorre tranquillamente i propri giorni giocando con Nobita ed i suoi amici, fino al giorno in cui l'intero gruppo non viene improvvisamente trasportato su un altro pianeta governato da una società di esseri vegetali. Doraemon e gli altri, qui scopriranno che gli essere vegetali vogliono portare via dalla Terra tutte le piante, perché trattate troppo male dall'umanità. Doraemon e Nobita dovranno fare di tutto per salvare la Terra.