Leonardo, Raffaello, Donatello e Michelangelo, le tartarughe Ninja, sono tornati indietro nel tempo. Ora si trovano in Giappone, nel diciassettesimo secolo, al posto di quattro samurai proprio mentre infuria la lotta tra la dinastia di Lord Norinaga e quella capitanata dalla giovane Mitsu.
Donatello, Raffaello, Michelangelo e Leonardo, le quattro tartarughe abili nelle arti marziali e nel trangugiare pizze, vivono a New York a casa della giornalista April. Il malvagio Shredder vuole costruirsi una propria armata di mutanti utilizzando lo stesso fluido che anni prima aveva dato origine anche alle tartarughe ninja. Allo scopo sequestra uno scienziato.
Janey e Lynne, compagne di college, partecipano a un'audizione insieme con altre centinaia di teen-agers. Il loro sogno è diventare famose ballando il rock davanti alle telecamere del Dance Tv Show.
