l film si apre su di una nave che sta solcando i mari del Nord , dove due marinai stanno parlando tra di loro in francese quando all'improvviso la nave viene attacata da un Kraken. La scena si sposta ad Atlantide: qui Kida, divenuta regina, racconta i fatti avvenuti nel primo film, mentre sta ammirando con Milo la ricostruzione di Atlantide quando all'improvviso si sparge l'allarme di un possibile attacco ma Milo tranquillizza tutti dicendo che in realtà quelli che sono apparsi come nemici sono in realtà i suoi vecchi amici ossia Il signor Whitmore, il dott Dolce, Audrey, Molière, Cookie, la signora Packard e Vinny. Appena arrivati Whitmore informa Milo di ciò che è accaduto nei mari del Nord e lo informa che il colpevole potrebbe essere il Leviatano, il mostro che è a guardia di Atlantide. Preoccupato per ciò Milo insieme ai suoi amici e Kida decide di partire ma durante i preparativi per la partenza Milo viene attacato dal Kraken...
