Emma Collins, un'eminente biologa marina, e il suo team di ricerca hanno allestito un laboratorio sottomarino dal quale possono osservare l'unica area di accoppiamento del Grande Squalo Bianco nota all'uomo. I problemi per loro hanno inizio quando uno degli squali toro "modificati" di cui si parlava nel secondo film si avvicina con l'intenzione di compiere un passo evolutivo definitivo incrociandosi con uno squalo bianco, mentre il finanziatore della loro missione di ricerca vorrebbe impadronirsi del segreto della super-intelligenza contenuto nel cervello di quello squalo toro.
