Per contrastare il rapido aumento della criminalità organizzata, lo sviluppo delle tute Polymar riprende sotto la direzione del sovrintendente di polizia appena insediato. Ma quando tre delle versioni di prova delle tute Polymar vengono rubate, l'ex combattente di strada e attuale detective Takeshi Yoroi viene incaricato di recuperarle e nasce l'invincibile eroe Hurricane Polymar!
Una principessa himalayana viene posseduta dallo spirito di una venusiana, scappata dal suo pianeta prima che venisse devastato dal mostruoso King Ghidorah, potente drago spaziale che viaggia nello spazio che attraversa con un meteorite. La principessa, che qualcuno intende assassinare, cerca di avvertire i potenti della Terra, ma non viene ascoltata. Solo nelle fatine-sacerdotesse di Mothra riesce a trovare un aiuto. In quello stesso momento tuttavia fanno la loro comparsa anche Godzilla e Rodan, che cominciano ad attaccare il Giappone...
Negli anni '70, in Antartide, Godzilla viene fatto cadere dentro un pozzo di ghiaccio da un sottomarino volante col muso a trivella, il Gotengo (già visto in Atragon, film di Ishiro Honda del 1963). A causa di ciò, Godzilla finisce in ibernazione. Nel 2004 l'umanità vive un periodo pacifico: grazie all'attività dell'EDF (Earth Defence Force), munito di armi supertecnologiche come un'intera flotta di Gotengo e di soldati dotati di superpoteri, i mostri che assalivano il mondo da tempo hanno smesso di essere un problema. L'ultimo ad essere distrutto dal Gotengo è il serpente marino Manda (anch'esso visto in Atragon), annientato con il cannone Zero Assoluto. Improvvisamente, in superficie, avviene un simultaneo attacco di tutti i mostri conosciuti, eccetto Godzilla...
Un supereroe che sta ricostruendo la società in un universo parallelo deve tornare sulla Terra per aiutare un potente alleato a difendere il pianeta da malvagi nemici.
Strani avvenimenti accadono al largo delle coste del Giappone: alcune navi esplodono e affondano senza apparente motivo. L’epicentro del fenomeno sembra essere nell’isola di Odo. Una notte, qualcosa emerge dall’acqua e semina morte e terrore sull’isola. Una spedizione scopre il responsabile di tutto questo: Godzilla, un gigantesco essere preistorico, che comincia a distruggere alla luce del sole, puntando direttamente al cuore del Giappone.
L'impresario Kumayama esibisce alla curiosità della gente un gigantesco uovo rivenuto da alcuni pescatori sulla spiaggia di un'isola dopo una violenta tempesta. Egli non sa che l'uovo è sacro per gli abitanti della favolosa Infant Island, esseri di piccolissime dimensioni che venerano la dea falena Mothra e che guardano con ostilità gli uomini, colpevoli, tra l'altro, di inquinare l'ambiente con gli esperimenti atomici. Quando le Sobijin, due fate gemelle, vengono da Infant Island a reclamare l'uovo, Kumayama pensa di aggiungere anche loro alla sua attrazione e tenta di catturarle. Riuscite a fuggire e trovato rifugio in una foresta, diventano amiche di due giornalisti e di uno scienziato "buono" che stanno organizzando un servizio fotografico. Gli uomini promettono di aiutare le due piccole straniere, ma quando stanno per tornare in città scorgono l'immensa mole di Godzilla: il mostro atomico...
In attesa di soccorsi su un'isola deserta, due uomini assistono al combattimento tra Godzilla e un altro mostro preistorico. I due uomini fanno giusto in tempo a fotografare le due creature prima che precipitino in mare. Le foto vengono consegnate al professor Yamane, che riconosce nell'avversario di Godzilla un Anchilosauro probabilmente mutato anch'esso dalle radiazioni, che viene battezzato Angilas. I due mostri riemergono ad Osaka, trasformandola in un campo di battaglia sotto i colpi dell'esercito...
Il governo giapponese è riuscito a confinare sull'isola Ogasawara tutti i kaiju del pianeta (Godzilla, Rodan, Angilas, Mothra, Gorosaurus, Baragon, Kumonga, Manda, Varan e Minilla), sorvegliati da un gruppo di studiosi e trattenuti da una serie di misure di sicurezza. Improvvisamente, un gas giallo invade l'isola, addormentando uomini e mostri. Subito dopo, i mostri riappaiono in varie metropoli mondiali, devastandole...
