Ganchan e la sua ragazza Janet costruiscono straordinari robot e quando il mondo è in pericolo si trasformano nei supereroi Yattaman. L'occasione per una nuova impresa si presenta quando la giovane Shoko chiede il loro aiuto per ritrovare il padre, scomparso in Egitto mentre era sulle tracce di uno dei quattro frammenti della potente Pietra Dokrostone. Qualcun altro è infatti alla ricerca della mitica Pietra. Si tratta degli acerrimi nemici degli Yattaman: il trio Drombo, composto dalla bellissima e perfida Miss Dronjo, e dai suoi tirapiedi Boyakki e Tonzula. I Drombo, con l'aiuto del misterioso Dottor Dokrobei ingaggiano con gli Yattaman una dura battaglia per il possesso della Dokrostone... e per il destino del mondo.
Dopo la Seconda guerra mondiale, il Giappone è stato ridotto in ginocchio e deve ripartire da zero. In questo contesto, Godzilla appare improvvisamente e fa precipitare il paese in uno stato ancora più negativo: è la situazione più disperata nella storia del Giappone.
Una principessa himalayana viene posseduta dallo spirito di una venusiana, scappata dal suo pianeta prima che venisse devastato dal mostruoso King Ghidorah, potente drago spaziale che viaggia nello spazio che attraversa con un meteorite. La principessa, che qualcuno intende assassinare, cerca di avvertire i potenti della Terra, ma non viene ascoltata. Solo nelle fatine-sacerdotesse di Mothra riesce a trovare un aiuto. In quello stesso momento tuttavia fanno la loro comparsa anche Godzilla e Rodan, che cominciano ad attaccare il Giappone...
Negli anni '70, in Antartide, Godzilla viene fatto cadere dentro un pozzo di ghiaccio da un sottomarino volante col muso a trivella, il Gotengo (già visto in Atragon, film di Ishiro Honda del 1963). A causa di ciò, Godzilla finisce in ibernazione. Nel 2004 l'umanità vive un periodo pacifico: grazie all'attività dell'EDF (Earth Defence Force), munito di armi supertecnologiche come un'intera flotta di Gotengo e di soldati dotati di superpoteri, i mostri che assalivano il mondo da tempo hanno smesso di essere un problema. L'ultimo ad essere distrutto dal Gotengo è il serpente marino Manda (anch'esso visto in Atragon), annientato con il cannone Zero Assoluto. Improvvisamente, in superficie, avviene un simultaneo attacco di tutti i mostri conosciuti, eccetto Godzilla...
1992: pochi mesi dopo lo scontro tra Mothra, Godzilla e Battra, un grande uovo viene rinvenuto su un'isola. Il dottor Kazuma Aoki (inventore di una nave volante anti-Godzilla chiamata Garuda) e la dottoressa Azusa Gojo analizzano l'uovo ma il gigantesco pteranodonte Rodan attacca il campo base per proteggere il fratello non ancora nato. Poco dopo lo stesso Godzilla emerge dall'acqua ed elimina apparentemente Rodan...
Il governo giapponese è riuscito a confinare sull'isola Ogasawara tutti i kaiju del pianeta (Godzilla, Rodan, Angilas, Mothra, Gorosaurus, Baragon, Kumonga, Manda, Varan e Minilla), sorvegliati da un gruppo di studiosi e trattenuti da una serie di misure di sicurezza. Improvvisamente, un gas giallo invade l'isola, addormentando uomini e mostri. Subito dopo, i mostri riappaiono in varie metropoli mondiali, devastandole...
Il giovane Ryota non si rassegna alla scomparsa del fratello Yata, dato per disperso dopo una tempesta. Va a cercarlo con una barca, che a causa di una tempesta fa naufragio su un'isola. Qui Ryota scopre che l'organizzazione dei Bamboo Rossi tiene in schiavitù gli abitanti di Infant Island e per tenere lontani i curiosi dall'isola, usano un mostro: Ebirah, un astice gigantesco. Ryota allora raggiunge Infant Island e si ricongiunge con Yata, salvato dagli isolani. I due fratelli trovano sull'isola Godzilla in una sorta di letargo. Decidono per aiutare gli isolani, di risvegliarlo (piantandoli una sciabola nella schiena che viene colpita da un fulmine) per combattere Ebirah e i Bamboo Rossi...
Seconda guerra mondiale. In Germania alcuni scienziati hanno ideato un progetto per creare una sorta di superuomo da usare contro gli eserciti nemici. Tuttavia il progetto viene rubato dai giapponesi e diversi anni dopo iniziano a crearlo. Per un errore, i pezzi con il quale costruiscono la creatura vengono colpiti dalle radiazioni e le parti si assemblano componendo Il mostro di Frankenstein che, per via della mutazione, cresce a dismisura. Nel frattempo degli archeologi scoprono in un tempio maledetto l'esistenza di un gigantesco mostro, Baragon, che inizia ad attaccare il Giappone. I giapponesi vorrebbero inizialmente distruggere la creatura di Frankenstein, ma poi optano per un'altra soluzione: farlo combattere contro Baragon per sconfiggerlo. La creatura scappa e si incrocia con Baragon: vi è uno scontro violento tra i due nel quale Frankenstein sconfigge Baragon, ma alla fine i due cadono in una crepa finendo a mare.
