Arriva l'estate e Makoto è sempre più vicino ai suoi compagni di avventura. Al gruppo si uniscono due nuovi elementi: Aegis (un androide anti-shadow), Ken, studente delle scuole medie in cerca di vendetta dopo l'uccisione della madre, e Koromaru, un cane in grado di evocare il suo Persona. Le cose sembrano andare per il meglio, ma a poco a poco, i pezzi della nuova vita di Makoto iniziano a distruggersi e il ragazzo sarà costretto a subire il dolore delle conseguenti perdite.
